Struktur Organisasi Pengadilan Militer didasarkan pada PERMA Nomor 7 tahun 2015 tanggal 7 Oktober 2015 tentang Organisasi dan Tata kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan dan PERMA Nomor 01 tahun 2017 tanggal 17 Februari 2017 tentang Perubahan atas PERMA Nomor 7 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan.

Unsur Pimpinan :

• Kepala Pengadilan Militer
• Wakil Kepala Pengadilan Militer

Panitera membawahi antara lain :

• Panitera Muda Pidana
• Panitera Muda Hukum

Serta membawahi kelompok jabatan fungsional :

• Panitera Pengganti
• Pranata Peradilan

Sekretaris membawahi beberapa Sub bagian antara lain :

• Sub Bagian Perencanaan, Teknologi Informasi dan Pelaporan
• Sub Bagian Kepegawaian, Organisasi dan Tata Laksana
• Sub Bagian Umum dan Keuangan

Serta membawahi kelompok jabatan Fungsional

• Fungsional Arsiparis
• Fungsional Pustakawan
• Fungsional Pranata Komputer.
• Fungsional Bendahara
• Unsur Pelaksana